El 15 de agosto de 2008, Agbonlahor firmó un nuevo contrato de cuatro años con el Aston Villa; y después de su extensión de contrato, el 17 de agosto de 2008, Agbonlahor marcó un hat-trick "perfecto" (marcar goles con la cabeza, el pie derecho y el pie izquierdo) contra el Manchester City en el partido inaugural de la temporada 2008-09 en el Villa Park. Los tres goles fueron marcados en el espacio de siete minutos, por lo que es el segundo triplete más rápido en la historia de la Premier League, más tarde fue nombrado mejor jugador del partido. 

A principios de la temporada comenzó a formar una sociedad exitosa con su compañero de equipo John Carew, donde ambos jugadores proporcionaron en todos los juegos goles y asistencias.
El 3 de noviembre, Agbonlahor estaba en el centro de una controversia con el Newcastle United, cuando Joey Barton, durante el partido, le pego en la cara y aunque fue expulsado no recibió ninguna sanción grave, y según los diarios Agbonlahor no inicio acciones legales porque "sintió lástima" por él.
En esta temporada, anotó contra el Arsenal,contra el Bolton Wanderers por duplicado y contra el Blackburn Rovers, sin embargo, este fue un punto alto en un pésimo estado de forma en el que anotó sólo 1 gol en 12 partidos de liga. Algunos fans comenzaron a frustrarse con Agbonlahor y en la derrota en casa de Villa contra el Tottenham Hotspur hubo algunos aplausos sarcásticos cuando fue sustituido. Mas tarde llegó a marcar un gol ante el Manchester y fue nominado para el PFA Jugador Joven del Año, con su compañero de equipo Ashley Young.